– Allt det du ser är egentligen proteiner. Det är fantastiskt att vi ändå bara har 20 000 proteiner som bygger upp allting, säger Mathias Uhlén.

Han och hans kolleger använder antikroppar som fungerar som krokar för att hitta var i kroppen proteinerna finns, med en antikropp eller krok för varje protein. Att få fram antikropparna är en komplicerad process. Först tar de var och en av de 20 000 gener som finns i vår arvsmassa, och som alla motsvarar ett protein, och stoppar in den i en bakterie. Då börjar bakterien producera det mänskliga proteinet som just den genen ansvarar för.

Forskarna renar proteinet och sprutar in det i blodet på kaniner. Kaninerna reagerar som om de blir vaccinerade, och deras immunsystem börjar producera antikroppar mot proteinet. Varje mänskligt protein ger alltså en unik antikropp som forskarna använder som krok för att fiska fram just det proteinet i olika vävnader i kroppen.

Att samma proteiner finns på många olika ställen får stor betydelse för läkemedelsindustrin. Mediciner verkar på proteiner, och om ett läkemedel riktar in sig mot ett visst protein i njuren och samma protein också finns i lever och hjärna kan det ge oväntade biverkningar.

En annan förvånande upptäckt i projektet var att ungefär hälften av våra proteiner finns i alla celler i kroppen. Mathias Uhlén kallar dem för basproteiner.

– Att varje cell behöver så många proteiner för att göra det vanliga trodde vi inte, säger han.

Men en del av proteinerna finns bara i vissa av kroppens vävnader. Testiklarna är det organ som har flest egna proteiner. På andra plats kommer hjärnan.

Forskarna har undersökt prover för varje vävnad från tre olika personer, minst en man och en kvinna och i olika åldrar. De har sett att hos friska människor är proteinerna nästan identiska, även när vi åldras.

– Vi är väldigt, väldigt lika inombords. Och det kanske inte är så konstigt. En njure fungerar ju likadant hos dig och mig, och en lever likadant, säger Mathias Uhlén.

Dessutom har vi nästan samma proteiner som alla andra däggdjur.

– Det som antagligen har hänt när vi har gått från mus till människa är att proteinerna samverkar lite mer komplext.

Proteinatlasen är indelad i fyra kapitel, som visar vilka proteiner det går att göra läkemedel mot, vilka som är involverade i cancer, vilka som utsöndras och vilka som finns i olika organ.

Mathias Uhlén och hans kolleger fortsätter nu att undersöka var proteinerna finns i ännu större detalj.

– Om två år hoppas vi komma med nästa version av atlasen som visar var inne i cellen proteinerna finns, säger han.