En mikroorganism eller så kallad mikrob är någon av de organismer som inte kan ses med blotta ögat. Avgränsningen beror inte på att mikroorganismer generellt är släkt med varandra utan syftar enbart på deras storlek. Bakterier, arkéer, de flesta protozoer, vissa svampar, alger och vissa djur är mikroorganismer. Ibland räknas även virus hit trots de annars inte definieras som liv eller självständiga organismer.

Korta beskrivningar över bakterier, virus, svampar och parasiter finns här.